Sejarah awalnya Madrasah ini termasuk Sekolah Rakyat Islam (S.R.I) dalam provinsi Atjeh yang di selenggarakan oleh Djawatan Pendidikan Agama. MIN Lambhuk merupakan salah satu Madrasah Ibtidaiyah yang bernaung dibawah Kementerian Agama Republik Indonesia, Madrasah ini didirikan pada tahun 1962, yang terletak di tengah-tengah Kota Banda Aceh, yang tepatnya beralamat di jalan T. Syarief Tayeb No 18 Kecamatan Ulee Kareng Kota Banda Aceh.
Pada awalnya MIN Lambhuk berstatus swasta pada tahun 1959, kemudian pada tahun 1962 menjadi MIN Lambhuk dan tepat pada tanggal 17 November 2016 MIN Lambhuk berubah nama menjadi MIN 9 Kota Banda Aceh. Sebagaimana “Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 670 Tahun 2016 tentang perubahan nama Madrasah dari MIN Lambhuk Kecamatan Ulee Kareng Kota Banda Aceh Menjadi MIN 9 Kota Banda Aceh yang di tetapkan di Jakarta pada tanggal 17 November 2016. Letak Madrasah ini sangat strategis, karena terletak di tengah kawasan perkotaan yang berkemukiman padat, sehingga masyarakat yang berdomisili di daerah tersebut sangat mudah menjangkau madrasah ini. MIN 9 Kota Banda Aceh mempunyai batas-batas sebagai berikut:
- Sebelah Timur berbatasan dengan Rumah warga
- Sebelah Barat berbatasan dengan jalan Dr. T. Syarief Thayeb
- Sebelah Selatan berbatasan dengan Kebun Rumah Warga
- Sebelah utara berbatasan dengan Mesjid Islahiyah
MIN 9 Kota Banda Aceh didirikan di atas areal 5.407 m2, luas bangunan 1.633.35 m2 sekolah ini bukanlah satu-satunya madrasah yang ada di Banda Aceh tetapi madrsash ini didirikan karena adanya keinginan masyarakat yang begitu besar terhadap pendidikan untuk mengembangkan potensi anak-anak mereka, MIN 9 Kota Banda Aceh ini dapat dikatagorikan salah satu MIN yang diminati oleh masyarakat di Kota Banda Aceh. Hal ini terlihat dari banyaknya jumlah siswa yang berminat masuk di MIN 9 Kota Banda Aceh setiap tahunnya. Selama masa perkembangan MIN 9 Kota Banda Aceh telah di pimpin oleh 12 orang kepala madrasah, yaitu :
Silsilah MIN 9 Kota Banda Aceh
- Tgk. H. Muhammad (1963-1969)
- Ramli Z.Z ( 1974-1978)
- M. Dahlan Mahmud ( 1978-1989)
- Hasballah (1984-1989)
- Badriah Puteh (1989-1993 )
- Hj. Siti Hawa, BA (1993-2006)
- Drs. Jamaluddin (2006-2010)
- Drs. Mahdi ( 2010-2013)
- Hj. Zuraida ( 2013-2014)
- Drs. Ramli ( 2014-2016)
- Hj. Ummiyani, S.Ag.M.Pd (2018 - 2024)
- Hj. Syukriani, S. Pd.I., M.Pd (Sekarang)
MIN 9 Kota Banda Aceh semenjak didirikan sampai dengan sekarang setiap tahunnya berkembang pesat, hal ini terlihat dari banyaknya peminat yang masuk ke Madrasah ini. Selain itu fasilitas yang di miliki MIN 9 Kota Banda Aceh juga lumayan memadai. Adapun tujuan di dirikan Madrasah ini adalah untuk meningkatkan kualitas peserta didik dalam mengembangkan ilmu pengetahuannya dan sebagai bekal bagi peserta didik untuk mengikuti pendidikan lebih lanjut.